Yayasan Kotagede Darussalam merupakan salah satu lembaga yang bergerak dalam bidang sosial dan pendidikan khususnya lembaga pendidikan agama (pesantren). Yayasan Kotagede Darussalam secara hukum sudah terdaftar dalam KEMENKUMHAM pada tanggal 23 Januari 2013 dengan Nomer AHU – 1019.AH.01.04. Tahun 2013 dan diterima pada tanggal 12 Pebruari 2013. Yayasan ini membawahi beberapa unit kegiatan salah satunya adalah Pondok Pesantren Kotagede Hidayatul Mubtadi-ien, Pondok Pesantren Nurul Ummah Putri, PAUD, RA, SMP Islam Darussalam dan SMA Islam Darussalam .